Институт молекулярной биологии Российской академии наук был организован как Институт радиационной и физико-химической биологии (ИРФХБ) АН СССР Постановлением Президиума Академии наук СССР от 26 апреля 1957 г. № 370.
Лишь в соответствии с Постановлением Президиума АН СССР от 17 апреля 1959 года № 281, назначившим В.А. Энгельгардта директором, Институт фактически начал работу.
ИРФХБ АН СССР переименован в Институт молекулярной биологии АН СССР Постановлением Президиума Академии наук СССР № 328 от 18 июня 1965 г.
Постановлением Совета Министров СССР от 22 марта 1988 г. № 357 и Распоряжением Президиума Академии наук СССР от 12 мая 1988 г. № 10123-635 Институту молекулярной биологии АН СССР присвоено имя В.А. Энгельгардта.
Основной принцип, заложенный В.А.Энгельгардтом при организации Института – гармоничное сочетание и развитие биологических, биохимических, химических, физических и математических подходов в молекулярно - биологических исследованиях.
